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El departamento de Microbiología realiza las funciones de docencia, investigación y extensión universitaria. En las actividades de docencia el Departamento ofrece distintas materias relacionadas con las áreas de Microbiología, Inmunología, Parasitología y Micología, siendo un apoyo académico importante de múltiples carreras pertenecientes a los Centros de Ciencias Básicas, Ciencias de la Salud y Ciencias Agropecuarias, así como cursos especiales al sector público o privado. En el área de Investigación se desarrollan trabajos principalmente relacionados con la Inmunidad Innata y Adaptativa, Inmunogenética, Inmunotoxicología y Estudio de Patógenos para seres humanos y plantas. Como apoyo a la sociedad se realizan servicios de extensión universitaria en lo que se incluyen análisis microbiológicos clínicos y sanitarios; así como estudios de Histocompatibilidad y Pruebas Cruzadas para pacientes de trasplante renal.